VJEPA là một trong những nội dung quan trọng mà Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng và Thủ tướng Nhật Bản Shinzo Abe hội đàm trong chuyến thăm chính thức Nhật Bản vào tháng 10/2006

VJEPA là một thỏa thuận song phương toàn diện nhằm tạo cơ hội để doanh nghiệp, người dân hai nước tiếp cận các nguồn vốn, công nghệ, nguyên nhiên liệu và hàng hoá một cách hiệu quả nhất, đem lại sự cân bằng về lợi ích, có tính tới các lĩnh vực nhạy cảm của hai nước cũng như sự chênh lệch về trình độ phát triển. Một trong những nội dung chính của hiệp định là tăng cường hợp tác kinh tế trên nhiều lĩnh vực như nông nghiệp, công nghiệp, thương mại và đầu tư, phát triển nguồn nhân lực, du lịch, môi trường, giao thông vận tải.

Theo Hiệp định, trong vòng 10 năm kể từ khi Hiệp định có hiệu lực, 92% các mặt hàng xuất nhập khẩu giữa hai nước sẽ được miễn thuế.

Cụ thể, 86% sản phẩm nông lâm thủy sản và 97% hàng công nghiệp của Việt Nam xuất sang Nhật sẽ được hưởng ưu đãi thuế, mặt hàng khoáng sản được miễn thuế nhập khẩu, các mặt hàng xuất khẩu  tôm, mực đông lạnh được giảm thuế nhập khẩu xuống 1% đến 3%. Đây là mức cam kết cao nhất của Nhật Bản đối với một nước thành viên ASEAN.

Sẽ có khoảng 88% tổng số dòng thuế nhập khẩu từ Nhật Bản vào Việt Nam được giảm dần trong vòng 10 năm. Đặc biệt các linh kiện màn hình phẳng và DVD được giảm thuế suất thuế nhập khẩu xuống 3%, máy ảnh kỹ thuật số giảm 10%, tivi màu giảm xuống 40%, các linh kiện sản xuất ô tô giảm 10%-20%.

Để bảo đảm triển khai Hiệp định một cách suôn sẻ, trước mắt, hai bên sẽ ưu tiên đề xuất và thực hiện một số dự án hợp tác về xây dựng hệ thống kiểm dịch và bảo đảm vệ sinh an toàn thực phẩm giữa hai bên; hỗ trợ Việt Nam đào tạo các y tá và hộ lý tại Nhật Bản; giúp Việt Nam xây dựng chương trình đào tạo và có hệ thống chứng chỉ quốc gia để tạo dựng nguồn nhân lực đủ tiêu chuẩn làm việc ở Nhật Bản và một số nước khác; xây dựng và phát triển ngành công nghiệp phụ trợ để giúp Việt Nam tạo ra nhiều hàng hóa có chất lượng và giá trị cao xuất khẩu sang thị trường Nhật Bản và các nước khác.

Việt Nam và Nhật Bản bắt đầu tiến hành đàm phán về VJEPA từ tháng 1/2007 ngay sau khi Việt Nam gia nhập Tổ chức Thương mại Thế giới (WTO). Sau 9 phiên đàm phán chính thức và nhiều phiên đàm phán không chính thức, hai bên đã hoàn tất thỏa thuận trên nguyên tắc vào tháng 9/2008 và chính thức ký Hiệp định vào ngày 25/12/2008.

VJEPA là hiệp định tự do thương mại thứ 10 mà Nhật Bản ký kết với các nước, nhưng là Hiệp định tự do thương mại song phương đầu tiên của Việt Nam kể từ khi gia nhập WTO.

Đại sứ Việt Nam tại Nhật Bản Nguyễn Phú Bình cho rằng việc VJEPA được đàm phán và ký kết trong một thời gian tương đối ngắn, khoảng 21 tháng, chứng tỏ Việt Nam và Nhật Bản đều có nhu cầu sớm kết thúc đàm phán và Hiệp định phù hợp với lợi ích của cả hai bên.

Theo Đại sứ Nguyễn Phú Bình, với sự nỗ lực của cả hai bên, Hiệp định sẽ sớm được vận dụng trong thực tế, góp phần đưa quan hệ giữa hai nước lên tầm cao mới, phù hợp với thỏa thuận giữa hai nước về việc xây dựng mối quan hệ đối tác chiến lược.