- Toản tập Thiên Nam tứ chí lộ đồ thư của Đỗ Bá Công Đạo gồm 4 quyển, nhiều bản đồ và chú giải được biên soạn vào khoảng năm 1630 đến 1653, xác nhận việc Chúa Nguyễn lập đội Hoàng Sa để quản lý và khai thác quần đảo Hoàng Sa từ thế kỷ XVII.

- Phủ biên tạp lục của Lê Quý Đôn, viết tại Phú Xuân (Huế) khi ông được vua Lê - chúa Trịnh phái đi trấn nhậm Thuận Hóa, Quảng Nam vào năm 1776. Bộ sách gồm 6 phần viết về xứ Đàng Trong, nhất là xứ Thuận Hóa và xứ Quảng Nam từ thế kỷ XVIII trở về trước, thời gian chúa Nguyễn trị vì, trong đó miêu tả khá chi tiết về quần đảo Hoàng Sa. Các sử thần trong Quốc sử quán triều Nguyễn khi biên soạn bộ sách Đại Nam thực lục tiền biên đã sử dụng lại nhiều tài liệu trong bộ Phủ biên tập lục.

- Một số bộ sử khác của triều Nguyễn, như:

+ Khâm định Đại Nam hội điển sự lệ là bộ sách do triều thần nhà Nguyễn vâng mệnh vua ghi chép những việc làm của triều đình thuộc lục bộ, trong đó có đoạn chép về việc lập miếu, dựng bia, trồng cây ở Hoàng Sa và khảo sát, đo vẽ bản đồ toàn bộ khu vực (về cơ bản cũng giống như Đại Nam thực lục chính biên, Quốc triều chính biên toát yếu).

+ Lịch triều hiến chương loại chí của Phan Huy Chú là bộ bách khoa thư lớn nhất của thế kỷ XIX, gồm 49 quyển được hoàn thành vào năm 1821 có phần Dư địa chí chép về bãi Hoàng Sa và đội Hoàng Sa cũng giống như trong sách Phủ biên tạp lục.

+ Việt sử cương giám khảo lược là bộ sách địa lý - lịch sử của Nguyễn Thông, có đoạn chép về Vạn lý Trường Sa, nói về đặc điểm địa lý, tự nhiên và dấu tích của người Việt Nam trên đảo Hoàng Sa. Ngoài ra, ông còn nói khá cụ thể về đội Hoàng Sa, như việc tuyển đinh tráng các xã An Vĩnh, An Hải, thời gian tồn tại của đội Hoàng Sa...

+ Châu bản triều Nguyễn (các văn bản hành chính có bút phê của Vua vào thế kỷ XIX) hiện được lưu trữ tại Trung tâm Lưu trữ Quốc gia I (Hà Nội) có nhiều bản tấu của đình thần bộ Công và một số cơ quan khác, chỉ dụ của các vua về việc xác lập chủ quyền của Việt Nam trên quần đảo Hoàng Sa dưới triều Nguyễn. Đặc biệt, trong tài liệu châu bản triều Nguyễn có một số châu bản thời Minh Mệnh (1820 - 1840), Thiệu Trị (1841 - 1847) đề cập chi tiết tới nhiều sự kiện liên quan đến các quần đảo Hoàng Sa, Trường Sa và chủ quyền của Việt Nam.

+ Đại Nam nhất thống chí là bộ sách địa lý chính thức của triều Nguyễn, gồm 28 tập với 31 quyển, do Quốc Sử quán triều Nguyễn thời Tự Đức biên soạn từ năm 1865 đến năm 1882. Hoàng Sa, Trường Sa được nói đến trong quyển 8.

+ Nam Hà tiệp lục của tác giả Lê Đàn là cuốn sách chép sử thời chúa Nguyễn ở Đàng Trong, từ gốc tích đến năm Gia Long thứ 3 (1804). Tác giả đã miêu tả khá nhiều về Hoàng Sa. Ngoài ra, trong sách cũng cung cấp nhiều tư liệu ghi chép ở Đàng Trong về Hoàng Sa khá phong phú, như trong đoạn nói về việc hàng năm có 18 chiếc thuyền ra Hoàng Sa để thu nhặt hóa vật ở đây. Nam Hà tiệp lục đã cung cấp thêm một tư liệu lịch sử minh chứng chủ quyền của nước ta đối với quần đảo Hoàng Sa dưới thời các chúa Nguyễn.

Theo "100 câu hỏi - đáp về biển, đảo dành cho tuổi trẻ Việt Nam" (Nxb Thông tin và Truyền thông - 2013)